Omkring 50 båtar i konvojen startade från Turkiet förra veckan och är det senaste försöket från aktivister att bryta Israels blockad av Gazaremsan.
”Ännu en PR-flottilj har nått sitt slut. Alla 430 aktivister har förts över till israeliska fartyg och är på väg till Israel där de kommer att kunna träffa sina konsulära representanter”, säger en talesperson från Israels utrikesdepartement.
Det var på måndagen som båtarna stoppades väster om Cypern. Ombord fanns bland annat 15 irländska medborgare, däribland Margaret Connolly, syster till Irlands president Catherine Connolly.
Israel kontrollerar alla infartsvägar till Gaza, som varit under israelisk blockad sedan 2007.