Klara Lundquist gjorde 62–59 för Sverige med 5.16 kvar att spela. De blev de sista svenska poängen och Litauen, som också kvalat in till EM, kunde gå i kapp och förbi.
Frida Eldebrink blev poängbäst i Sverige med 18 poäng och Klara Lundquist stod för 13.
Sverige föll i förra veckan mot regerande Europamästaren Belgien med 50–81.
Lagen möts på nytt på nationaldagen i Trakai utanför Vilnius. Det är Sveriges sista match före EM där Tyskland väntar i Hamburg i premiären den 19 juni. Övriga två lag i Sveriges grupp är Storbritannien och Spanien.
