Under den 14:e etappen, drygt 100 kilometer från mål, klev belgaren av. Lördagens lopp är en tuff bergsetapp i Pyrenéerna.
25-åringen låg på en tredjeplats i totalställningen efter den 13:e etappen.
Evenepoel vann den femte etappen, ett tempolopp, i årets Tour de France. Förra året slutade han trea i totalen.
Under fjolårets OS i Paris vann Evenepoel guld i både linje- och tempoloppet.
