De pro-palestinska demonstranterna fortsatte sina protester, men nu utan att störa cyklisterna. Enligt AFP greps två protestanter sedan de tagit sig över säkerhetsavspärrningarna.
Tidigare har målgången fått tidigareläggas på två etapper sedan protestanter tagit sig in i området för den planerade målgången.
Det är det israeliska laget Israel-Premier-Tech som är föremål för protesterna och burop riktades mot deras cyklister under tempoetappen.
Etappen hade kortats av säkerhetsskäl, från 15 till 12,2 kilometer, och vanns av italienaren Filippo Ganna. I totalen behåller Jonas Vingegaard, nia på torsdagen, ledningen och är 40 sekunder före João Almeida, som dock tog in tio sekunder. Portugisen slutade trea.
Två riktiga etapper återstår och de flesta förväntar sig att avgörandet kommer på lördagens bergsetapp. Söndagens sista etapp, med målgång i Madrid, ses som en måltavla för demonstranterna och ”extraordinära säkerhetsåtgärder" kommer att vidtas, har spanska myndigheter meddelat.