Fyra olika evakueringar har genomförts i samarbete med internationella organisationer och andra länder.
Barnen och deras familjer har placerats i olika delar av Spanien för att få vård. De som har förts till landet kommer att kunna ansöka om asyl.
Migrationsminister Elma Saiz säger att evakueringarna visar att ”solidaritet och internationellt samarbete räddar liv”.
Premiärminister Pedro Sánchez regering är en av de skarpaste kritikerna inom EU mot Israels krigföring i Gazaremsan.