Den svenska anfallaren firade med sin välkända målgest framför hemmafansen på Emirates Stadium i London – knyta händerna framför ansiktet.
Två minuter senare följde Bukayo Saka upp målskyttet och utökade ledningen till 2–0. I slutminuterna gjorde Kai Havertz 3–0 vilket blev slutresultatet.
Viktor Gyökeres, 27, såldes från Sporting till Arsenal i juli för en summa på sammanlagt nära 840 miljoner kronor.