Real Madrid skriver på sin hemsida att den 32-årige tysken har dragit på sig en muskelskada i sitt vänstra ben.
Enligt flera tyska medier och journalisten Fabrizio Romano ska skadan hålla honom borta från spel i cirka tre månader.
Försvarsgeneralen beräknas, om rehabiliteringen fortskrider som planerat, vara tillbaka i december.
Rüdiger är en nyckelspelare hos Real Madrid och är ordinarie i mittförsvaret. Han anslöt till "Los Blancos" från Chelsea 2022 och har även representerat klubbar som Roma och Stuttgart.
Han har 81 landskamper för Tyskland på meritlistan.