Jordbävningen hade en magnitud på 5,5. Boende på Akuseki uppmanas ta sig till en lekplats på öns skola, säger en lokal tjänsteman.
Akuseki ingår i ögruppen Tokara, mellan Östkinesiska havet och Filippinska sjön. Sju av Tokaras tolv öar är obebodda, på de övriga bor omkring 700 människor.
De senaste två veckorna har ögruppen skakats av mer än 1 000 mindre skalv. Inga större skador har rapporterats.
