MLS har nämligen som regel att man bestraffas, i form av en avstängning, om man tackar nej till All Star-matchen utan en godkänd anledning.
Ligan kommer nu prata med Inter Miami för att få en förklaring till varför de två tidigare Barcelonaspelarna tackade nej till matchen.
Både Messi och Alba har en historik av skadeproblem i närtid.
All Star-laget, som Messi och Alba alltså inte kommer ingå i, ska spela mot den mexikanska ligans dito i Austin, USA.
Inter Miami ligger femma i den östra konferensen i MLS. Tidigare under sommaren deltog laget i klubblags-VM.
