Koranbränningen ägde rum den 21 januari.
En utredning inleddes efter händelsen av Ankaras chefsåklagare mot Paludan, som anklagas för att "offentligt förolämpa de religiösa värderingarna". Chefsåklagarens begäran om att Paludan skulle gripas kommer som ett led i utredningen.
Beslutet om att utfärda arresteringsordern fattades av en domstol i Ankara.