"Muratov är starkt oense med justitiedepartementets beslut och kommer att lämna in en ansökan om att få fallet rättsligt prövat", står det i Novaja Gazetas nyhetsbrev på måndagen.
Den nuvarande biträdande chefredaktören Sergej Sokolov kommer att gå in i rollen som chefredaktör.
Det var i fredags som det ryska justitiedepartementet meddelade att Dimitrij Muratov nu kommer att få stämpeln som "utländsk agent".
Att få en agentstämpel innebär bland annat att de personer och organisationer som pekas ut måste avslöja sina finansieringskällor, de tvingas också att markera alla sina publiceringar – även inlägg på sociala medier – med en särskild tagg.
